Vyšší obsah polysacharidov a TOC ako nepriamych ukazateľov prítomnosti mikrobiálneho biofilmu nemusia znamenať i vyššiu enzymatickú aktivitu biofilmu na danej lokalite. Táto diplomová práca analyzuje rozvoj a aktivitu mikrobiálnych biofilmov v jemných dnových sedimentoch na troch vybraných lokalitách rieky Vltava v Národnom parku Šumava. Pre určenie množstva biofilmu bola zvolená metóda stanovenia obsahu polysacharidov podľa Duboisa a stanovenie % TOC. Hydrolytická aktivita biofilmu (aktivita nešpecifických estreáz) bola stanovená pomocou fluoresceín diacetátu. Rozdiely v kolonizácii biofilmom a jeho aktivite boli zaznamenané nie len medzi sledovanými lokalitami ale i vo vertikálnom smere (v rôznych hĺbkach hyporheálu). Odlišnosti medzi lokalitami pripisujeme jednak rozdielom v charaktere sedimentu skúmaných tokov, ale taktiež ich hydrologickým vlastnostiam. Napriek tomu, že výsledky poukazujú len na mierne odlišnosti v rozvoji mikrobiálnych biofilmov medzi lokalitami, táto práca prináša nové poznatky o neoddeliteľnej, avšak často prehliadanej zložke každého riečneho ekosystému. Naše zistenia sú dôležité i z hľadiska poznania ekosystému, v ktorom sa vyskytuje kriticky ohrozená a s mikrobiálnymi spoločenstvami úzko prepojená perlorodka riečna (Margaritifera margaritifera).Higher content of polysaccharides and TOC (total organic carbon) as indirect indicators of microbial biofilm presence may not necessarily indicate higher enzymatic activity of the biofilm at a given location. This master's thesis analyzes the development and activity of microbial biofilms in fine river sediments at three selected locations along the Vltava River within the Šumava National Park. The method chosen to determine the amount of biofilm was the determination of polysaccharide content according to Dubois and the determination of % TOC. The hydrolytic activity of the biofilm (activity of nonspecific esterases) was determined using fluorescein diacetate. Differences in biofilm colonization and its activity were observed not only between the monitored locations but also vertically (at different depths of the hyporheic zone). Differences between the locations are attributed to variations in the sediment characteristics of the studied streams as well as their hydrological properties. Although the results only indicate slight differences in the development of microbial biofilms between the locations, this study provides new insights into an inseparable, yet often overlooked component of every river ecosystem. Our findings are also important in terms of understanding the ecosystem where the critically endangered freshwater pearl mussel (Margaritifera margaritifera) occurs and is closely linked to microbial communities.