Počet záznamů: 1  

Konformace cukrfosfátové páteře a deoxyribózy v protein-DNA komplexech

  1. Údaje o názvuKonformace cukrfosfátové páteře a deoxyribózy v protein-DNA komplexech [rukopis] / Filip Černý
    Další variantní názvyKonformace cukrfosfátové páteře a deoxyribózy v protein-DNA komplexech
    Osobní jméno Černý, Filip, (autor diplomové práce nebo disertace)
    Překl.názConformation of sugar-phosphate backbone and deoxyribose in protein-DNA complexes
    Vyd.údaje2022
    Fyz.popisviii, 77 s
    PoznámkaVed. práce Petr Jurečka
    Oponent Petra Čechová
    Dal.odpovědnost Jurečka, Petr (vedoucí diplomové práce nebo disertace)
    Čechová, Petra (oponent)
    Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra biofyziky (udelovatel akademické hodnosti)
    Klíč.slova Molekulární dynamika * molekulová mechanika * silové pole * empirický potenciál * OL15 * bsc1 * parametr P cukerného kruhu * nukleové kyseliny * A-DNA * glykosidický úhel * protein-DNA interakce * Molecular dynamics * force field * empiric potential * OL15 * bsc1 * sugar pucker P * nucleic acid * A-DNA * glycosidic angle * protein-DNA interaction
    Forma, žánr diplomové práce master's theses
    MDT (043)378.2
    Země vyd.Česko
    Jazyk dok.čeština
    Druh dok.PUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitulMgr.
    Studijní programNavazující
    Studijní programFyzika
    Studijní oborMolekulární biofyzika
    kniha

    kniha

    Kvalifikační práceStaženoVelikostdatum zpřístupnění
    00275265-389332333.pdf153.7 MB29.04.2022
    PosudekTyp posudku
    00275265-ved-683179344.pdfPosudek vedoucího
    00275265-opon-132321355.pdfPosudek oponenta
    Průběh obhajobydatum zadánídatum odevzdánídatum obhajobypřidělená hodnocenítyp hodnocení
    00275265-prubeh-192126330.docx16.03.202129.04.202220.05.2022AHodnocení známkou

    Pomocí molekulární dynamiky (MD) je možné počítat Gibbsovu energii, predikovat vývoj molekulárních systémů v čase nebo simulovat vazbu ligandu do vazebného místa proteinu. Proto, abychom obdrželi co nejpřesnější výsledky, je nutné mít silové pole, které správně popisuje dané systémy. Tato práce se zaměřuje na ověřování kvality silových polí pro modelování nukleových kyselin v MD simulacích a konkrétně na parametr P cukerného kruhu a torzní úhly a při popisu A formy DNA v protein-DNA komplexech silovými poli OL15 a bsc1 v programu AMBER. Analýzou simulací pěti protein-DNA komplexů v obou silových polí bylo zjištěno, že ani jedno silové pole nepopisuje správně stabilitu A formu DNA a bylo by vhodné se při korekcích těchto polí zaměřit na parametr P a jeho popis stability C3'-endo konformace.Molecular dynamics (MD) modeling can be used to calculate Gibbs energy, to predict the evolution of a molecular system over time or t simulate the binding of a ligand to the active site of a protein. For accurate molecular dynamics results, it is necessary to have a force field that describes the systems correctly. This work is focused on verification of quality of the force field used to model nucleic acids in MD simulations, specifically on the role of sugar pucker and torsion angles a in describing the A form of DNA in protein-DNA complexes simulated by the OL15 and bsc1 force fields in AMBER program. Analysis of the results of five simulations of protein-DNA complexes in both force fields indicates that neither force field correctly describes the A form of DNA. Next force field correction should be aimed at sugar pucker and its description of the C3'-endo conformation.

Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.