Tato diplomová práce se zabývá analýzou kondenzátu dechu metodou kapilární elektroforézy. Teoretická část práce pojednává o teorii kapilární elektroforézy a analýzy EBC se zaměřením na potenciální diagnostiku dýchacích onemocnění. V rámci experimentální části bylo zkonstruováno jednoduché zařízení pro odběr EBC a získané vzorky byly analyzovány pomocí metod CE-UV a CE-MS. Výsledky studie prokázaly, že je možné provést analýzu EBC za použití vyvinutého odběrného zařízení a daných metod.This diploma thesis deals with the analysis of exhaled breath condensate by capillary electrophoresis. The theoretical part of the thesis is focused on theory of capillary electrophoresis and EBC analysis with an emphasis on possible diagnosis of respiratory diseases. In the experimental part, a simple device for EBC collection was developed and obtained samples were analyzed by CE-UV and CE-MS. Results of the study demonstrated that it is possible to analyze EBC using the developed sampler and given methods.