Hyporheické biofilmy jsou nedílnou součástí zdravě fungujících řek, které poskytují útočiště juvenilům perlorodky říční (Margaritifera margaritifera Linnaeus, 1758). Perlorodka je v České republice označována za kriticky ohrožený, zvláště chráněný druh (vyhláška č. 395/1992 Sb.). Jeden z hlavních důvodů, proč dochází ke stagnaci tohoto mlže v naší přírodě může být propojen právě s množstvím a složením hyporheického biofilmu ve dně, kam se jako juvenil zahrabává. Další důvody ohrožení populace perlorodky mohou být eutrofizace vodních toků, erozní činnost v povodích spojená s odvodněním a jinými melioracemi na zemědělské a lesní půdě, regulace vodních toků či introdukce nepůvodních druhů organismů do povodí. Cílem této práce bylo provést analýzu biofilmů a organického uhlíku ve vzorcích hyporheického sedimentu odebraných na území národního parku Šumava v roce 2019 a 2020. Vzorky byly inkubovány ve Studené a Teplé Vltavě na lokalitách Ovesná a Dobrá. Rozvoj biofilmů na inkubovaném materiálu byl posuzován nepřímo prostřednictvím analýzy koncentrace polysacharidů a organického uhlíku ve vzorcích. Ačkoliv výsledky měření uhlíku i polysacharidů značně kolísaly a lišily se jak mezi lokalitami, tak mezi oběma roky, byla mezi použitými metodami nalezena pozitivní korelace. Mezi obsahem rozpuštěného kyslíku v intersticiální vodě a obsahem polysacharidů/uhlíku v biofilmech korelace zjištěna nebyla. Biofilmové nárosty nejspíše neovlivňují obsah kyslíku v intersticiální vodě, a tedy ani vývoj juvenilů perlorodky říční.Hyporheic biofilms are an integral part of healthy and functioning rivers, which are a suitable habitat for a juvenile Freshwater pearl mussel (Margaritifera margaritifera Linnaeus, 1758). In the Czech Republic, Freshwater pearl mussel is marked as critically endangered and especially protected species (Decree No 395/1992). One of the main reasons why there is a stagnation of these molluscs in our nature may be linked to the amount and composition of hyporheic biofilm in the river bottom, where the juvenile digs itself into the river floor. Other reasons why the population of Freshwater pearl mussel is endangered could be the eutrophication of watercourses, erosion in the river basins followed with drainage and other meliorations on farmlands and woodlands, regulation of watercourses or exposure to unoriginal organisms into the river basins. The aim of this work is to make an analysis of biofilms and organic carbon in samples of hyporheic sediments collected in the Šumava National Park in 2019 and 2020. The samples were incubated in the area of Studená and Teplá Vltava, specifically in the localities Ovesná and Dobrá. The development of biofilm on the incubational materials was measured indirectly by the concentration of polysaccharides and organic carbon in the samples. Although the results of carbon and polysaccharide measurements fluctuated considerably and differed both between localities and between the two years, a positive correlation was found between the methods used. No correlation was found between the dissolved oxygen content in interstitial water and the polysaccharide/carbon content in biofilms. Biofilm growths are unlikely to affect the oxygen content of interstitial water, and therefore the development of juveniles of freshwater pearl mussels.