Respirační trakt představuje složitý orgánový systém, který je zodpovědný především za výměnu kyslíku a oxidu uhličitého s okolním prostředím. Je obýván řadou specifických společenství bakterií, které mohou být zapojeny v udržování homeostázy fyziologie dýchání a imunity. Dokonce plíce, které dříve byly považovány za zcela sterilní, jsou neustále vystavovány různým mikroorganismům z orofaryngu a jiných oblastí respiračního traktu, a jsou tedy rovněž mikroby kolonizovány. Hustota plicní mikrobioty je však menší oproti např. střevní mikroflóře, protože malý počet bakterií zdá se být rozhodujícím faktorem v udržování dobrého zdraví jedince. Současně je vývoj mikrobiálních komunit horních a dolních cest dýchacích podrobně studován, s cílem zjistit, jak tahle mikrobiota ovlivňuje zdraví dýchacích cest a působením kterých faktorů dochází k jejím změnám, které pak v krajním případě mohou vyústit v infekci. Tato bakalářská práce popisuje hlavní charakteristiky mikrobioty dýchacích cest a její funkční dopad na fyziologii a zdraví respiračního traktu. Dále srovnává výsledky kultivace a identifikované mikrobiální druhy z dutiny ústní, střev a dolních cest dýchacích.The respiratory tract is a complex organ system that is primarily responsible for the exchange of oxygen and carbon dioxide with the environment. It is inhabited by a number of specific communities of bacteria that may be involved in maintaining the homeostasis of respiratory physiology and immunity. Even the lungs, which were previously considered to be completely sterile, are constantly exposed to various microorganisms from the oropharynx and other areas of the respiratory tract and are therefore also colonized by microbes. However, the density of the lung microbiota is lower compared to, for example, the intestinal microflora, because a small number of bacteria seems to be a decisive factor in maintaining the good health of an individual. At the same time the development of microbial communities of the upper and lower respiratory tract is studied in detail in order to find out how this microbiota affects the health of the respiratory tract and by which factors its changes occur, which in extreme cases can result in infection. This bachelor thesis describes the main characteristics of airway microbiota and its functional impact on the physiology and health of the respiratory tract. It also compares the results of cultivation and the identified microbial species from the oral cavity, intestines and lower respiratory tract.