Hlavním cílem bakalářské práce je studium tzv. nekanonických stavů páteře nukleových kyselin a jejich stability v molekulárně dynamických (MD) simulacích. V práci jsou popsány některé z těchto neobvyklých konformací pro čtyři protein-DNA komplexy. Protein-DNA komplexy byly vybrány, jelikož je u nich častější výskyt některých neobvyklých konformací, které vznikají navázáním proteinu na DNA. Jednotlivé nekanonické stavy byly prozkoumány a až na výjimky se ukázaly jako nestabilní srovnatelně pro silová pole OL15 i bsc1, ve kterých MD simulace probíhaly. Celková stabilita komplexu nicméně narušena nebyla a komplex byl v průběhu simulace strukturně stabilní. Výsledky této práce mohou posloužit ke zpřesnění silových polí nebo zkvalitnění obsahu krystalografických databází.The main aim of the bachelor thesis is to study the so-called non-canonical substates of the nucleic acid backbone and their stability in molecular-dynamics simulations. The thesis describes some of these unusual conformations for four protein-DNA complexes. The protein-DNA complexes were chosen because they are more likely to have some unusual conformations that are formed by binding of the protein to DNA. Individual non-canonical conformations were examined and, with a few exceptions, proved to be comparably unstable for both the OL15 and bsc1 force fields in which MD simulations were run. However, the overall stability of the protein-DNA complex was not compromised and complex was structurally stable during the simulations. Results of this work may help to refine the force fields or improve the content of crystallographic databases.