Počet záznamů: 1  

Study of a bacterial enzymatic assay for rapid screening of GRETCHEN HAGEN 3 (GH3) family

  1. Údaje o názvuStudy of a bacterial enzymatic assay for rapid screening of GRETCHEN HAGEN 3 (GH3) family [rukopis] / Zbyněk Barvíř
    Další variantní názvyStudium bakteriálního testu pro rychlou charakterizaci enzymů z rodiny GRETCHEN HAGEN 3 (GH3)
    Osobní jméno Barvíř, Zbyněk, (autor diplomové práce nebo disertace)
    Překl.názStudy of a bacterial enzymatic assay for rapid screening of GRETCHEN HAGEN 3 (GH3) family
    Vyd.údaje2021
    Fyz.popis60 s. (117 103 znaků)
    PoznámkaVed. práce Ondřej Novák
    Oponent David Zalabák
    Dal.odpovědnost Novák, Ondřej, 1976- (vedoucí diplomové práce nebo disertace)
    Zalabák, David (oponent)
    Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra biochemie (udelovatel akademické hodnosti)
    Klíč.slova IAA * Gretchen Hagen 3 * GH3.2 * rekombinantní enzym * kapalinová chromatografie * tandemová hmotnostní spektrometrie * phytohormones * Gretchen Hagen 3 * GH3.2 * recombinant enzyme * liquid chromatography * tandem mass spectrometry
    Forma, žánr diplomové práce master's theses
    MDT (043)378.2
    Země vyd.Česko
    Jazyk dok.angličtina
    Druh dok.PUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitulMgr.
    Studijní programNavazující
    Studijní programBiochemie
    Studijní oborBiochemie
    kniha

    kniha

    Kvalifikační práceStaženoVelikostdatum zpřístupnění
    00263825-587747527.pdf172.6 MB26.04.2021
    PosudekTyp posudku
    00263825-ved-418024153.pdfPosudek vedoucího
    00263825-opon-511612076.pdfPosudek oponenta

    Kyselina indol-3-yloctová (IAA) je v rostlinách jednou z nejdůležitějších biologicky aktivních látek, a proto je její koncentrační hladina přísně regulována. U rostlin se můžeme setkat s různými mechanismy regulace hladiny IAA, z nichž jednou z nejdůležitějších je konjugace s aminokyselinami. Tyto reakce katalyzují enzymy z druhé podrodiny enzymové rodiny Gretchen Hagen 3 (GH3). V rámci této diplomové práce byla nedávno vyvinutá metoda pro charakterizaci enzymů z rodiny GH3 využita pro studium aktivity jednoho z jejích členů. Tato metoda je založená na heterologní produkci enzymu z huseníčku rolního v buňkách Escherichia coli. Hostitelské buňky jsou transformovány vektorem s vneseným genem vybraného GH3 enzymu. Exprese tohoto genu je dosaženo pomocí isopropyl-ß-D-thiogalaktopyranosidu (IPTG) při 20 °C. Přítomnost histidinové značky umožňuje sledování produkce rekombinantního proteinu po indukci. Enzymatická reakce probíhá přímo v transformovaných bakteriích. Produkty enzymové reakce jsou stanoveny přímým nástřikem supernatantu bakteriální kultury pomocí kapalinové chromatografie spojené s tandemovou hmotnostní spektrometrií (LC-MS/MS). Oproti dříve používaným in vitro přístupům není v tomto případě nutná izolace rekombinantního proteinu. V této práci byla metoda použita pro charakterizaci enzymu GH3.2 z huseníčku rolního.Indole-3-acetic acid (IAA) is one of the most important molecules with biological activity in plants, therefore, its level must be tightly controlled. In plants, various mechanisms occur for regulation of IAA concentration, including conjugation of IAA to amino acids as one of the major inactivation pathways. These conjugation reactions are catalysed by acyl acid amido synthetases of the Group II of the Gretchen Hagen 3 (GH3) family. In this diploma thesis, a recently developed method for characterization of GH3 enzymes has been used to study the activity of one member of this family. This method is based on the heterologous production of a recombinant enzyme from Arabidopsis thaliana in Escherichia coli cells. Bacterial cells are transformed with a protein expression vector in which the Arabidopsis GH3 coding sequence was cloned with an N-terminal 6× His-tag. Recombinant enzyme expression is achieved by incubating these engineered bacterial cultures with isopropyl ß-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG) at 20 °C. The presence of the His-tag allows monitoring of recombinant protein production after the induction. The enzymatic reaction is carried out directly in bacteria that produce the recombinant protein. The enzymatic products are analysed by liquid chromatography coupled to tandem spectrometry (LC-MS/MS) using direct injection of a small supernatant fraction from the bacterial culture. Compared to existing in vitro approaches, no purification of the recombinant protein is required, enabling a faster screening of the enzymatic activity. Herein, this method was used to characterize the activity of Arabidopsis GH3.2 enzyme with IAA.

Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.