Bakalářská práce se zabývá automatizací a optimalizací trypsinové digesce v bottom-up proteomickém protokolu. Srovnává tři metody - štěpení v roztoku, štěpení na filtru (FASP) a přípravu pomocí robota Tecan - a stanovuje počet peptidů, sekvenční pokrytí a účinnost, aby se zjistilo, která metoda dosahuje nejvyšší efektivityThis bachelor thesis is focused on the automatization and optimalization of trypsin digestion in bottom-up proteomics. It compares three methods - in-solution digestion, filter-based digestion (FASP) and Tecan robot preparation - and determines the number of peptides, sequence coverage and efficiency in order to find out which method is the most effective