Počet záznamů: 1  

Bioinformatická analýza distribuce transpozonů na pohlavních chromozomech rostlin

  1. Údaje o názvuBioinformatická analýza distribuce transpozonů na pohlavních chromozomech rostlin [rukopis] / Kateřina Jurásková
    Další variantní názvyBioinformatická analýza distribuce transpozonů na pohlavních chromozomech rostlin
    Osobní jméno Jurásková, Kateřina, (autor diplomové práce nebo disertace)
    Překl.názBioinformatic Analysis of Transposable Elements Distribution on Plant Sex Chromosomes
    Vyd.údaje2020
    Fyz.popis59 s. : il., grafy, schémata, tab. + 1 CD
    PoznámkaOponent Eva Hřibová
    Ved. práce Zdeněk Kubát
    Dal.odpovědnost Hřibová, Eva (oponent)
    Kubát, Zdeněk, (vedoucí diplomové práce nebo disertace)
    Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra biochemie (udelovatel akademické hodnosti)
    Klíč.slova transponovatelné elementy * pohlavní chromozomy * satelity * distribuce transpozonů závislá na pohlaví * RepeatExplorer * NGS * transposable elements * sex chromosomes * satelites * sex-specific distribution of transposable elements * RepeatExplorer * NGS
    Forma, žánr diplomové práce master's theses
    MDT (043)378.2
    Země vyd.Česko
    Jazyk dok.čeština
    Druh dok.PUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitulMgr.
    Studijní programNavazující
    Studijní programBiochemie
    Studijní oborBioinformatika
    kniha

    kniha

    Kvalifikační práceStaženoVelikostdatum zpřístupnění
    00238137-724514034.pdf261.4 MB13.05.2020
    PosudekTyp posudku
    00238137-ved-640214798.pdfPosudek vedoucího
    00238137-opon-369538034.pdfPosudek oponenta

    Regulace transpozonů v zárodečných drahách rostlin je dosud otevřené téma. U modelového druhu Arabidopsis thaliana byly objeveny epigenetické regulační dráhy přítomné pouze v samčí zárodečné dráze (pyl). Biologická relevance a dlouhodobý vliv těchto regulačních drah na transpoziční aktivitu transpozonů je ale u hermafroditní A. thaliana nesnadno studovatelný kvůli absenci pohlavně specifického chromatinu. U druhu Rumex acetosa s pohlavními chromozomy X a Y je známo, že většina rodin transpozonů vykazuje nerovnoměrné rozložení na chromozomech. Doposud užívané metody ale nemají dostatečné rozlišení k tomu, aby mohlo být prokázáno, že se transpozony u tohoto druhu šíří přednostně v jedné nebo druhé zárodečné dráze. Zde zvolená bioinformatická analýza dat chromozomů tříděných pomocí průtokové cytometrie má potenciál vnést do této problematiky nová zjištění. V této práci jsme analyzovali složení repetitivní frakce genomu R. acetosa pomocí RepeatExploreru, pokusili se o potvrzení modelu rozdílného šíření transpozonů u samčích a samičích zárodečných buněk. Očekávali jsme také objev indicií, že i samičí zárodečná dráha obsahuje dosud neobjevené epigenetické regulační mechanismy.Regulation of transposons in plant germline is still an open topic. In the model plant Arabidopsis thaliana were found regulatory epigenetic pathways that are specific only for the male germline (pollen). The biological relevance and long term effect of these regulatory pathways on the transposition activity of transposons in hermafroditic A. thaliana is difficult to study because of the absence of sex-specific chromatin. In Rumex acetosa with sex chromosomes X and Y is known, that most of transposon families show an uneven distribution on sex chromosomes. However, the methods used so far do not have sufficient resolution to demonstrate, that transposons in this species are propagated preferentially either in male or female germline. The bioinformatics analysis of flow sorted chromosomes we used here has the potential to bring new findings into this issue. In this thesis we analyzed repetitive fraction of R.acetosa genome and we tested the model of different transposons proliferation in male and female germline. We also expected the discovery of new indications that the female germline contains as yet undiscovered epigenetic regulatory mechanisms.

Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.