Koncentrace auxinů musí být v rostlinných buňkách striktně regulována, čehož je docíleno souhrou biosyntézy, transportu, metabolismu a konjugace. Nejvýznamnější auxin kyselina indol-3-yloctová (IAA) může tvořit biologicky neaktivní konjugáty s aminokyselinami a glukosou, nebo podléhat oxidaci na kyselinu 2-oxo-indol-3yloctovou (oxIAA), která může být dále také konjugována. Další přirozeně se vyskytující auxin kyselina fenyloctová (PAA) je také schopna tvořit aminokyselinové konjugáty. V této práci byla optimalizována metoda pro kvantitativní stanovení nízkomolekulárních konjugátů IAA, oxIAA a PAA pomocí HPLC-MS/MS. Tyto konjugáty byly dále studovány v Arabidopsis thaliana, Triticum aestivum L. a Pisum sativum L. Bylo zjištěno, že metabolický profil těchto látek se velmi liší v různých druzích a také jednotlivých částech rostlin. Dosažené výsledky by měly vést k lepšímu pochopení degradačních drah IAA a PAA v rostlinách.Concentration of auxins in plant cells must be strictly regulated, which is achieved by biosynthesis, transport, metabolism and conjugation. The most important auxin indol-3-yl-acetic acid (IAA) can form biologically inactive metabolites with amino acids and glucose or undergo oxidation to 2-oxindole-3-acetic acid (oxIAA), which may be further conjugated with amino acids and degraded. Another naturally occurring auxin phenylacetic acid (PAA) is also able to form amino acids conjugates. In this thesis, method for quantitative analysis of low molecular weight metabolites of IAA, oxIAA and PAA using HPLC-MS/MS method was optimized. Those conjugates were further studied in Arabidopsis thaliana, Triticum aestivum L. and Pisum sativum L. It has been found that the metabolic profile of these substances varies greatly in different species as well as in individual parts of plants. The results should lead to a better understanding of the IAA and PAA degradation pathways.