V dnešní době je neustále generováno velké množství biologických a chemických dat, které se následně ukládají do veřejně přístupných databází pro jejich poskytnutí vědecké komunitě. Nicméně pro pochopení široké sítě buněčných procesů nám obvykle nestačí získat data z jednoho experimentu, ale je nutné různá data mezi sebou propojovat. To nám může poskytnou nové informace a pomoct k objasnění studované problematiky. Správný návrh struktury uložení dat a implementace nástrojů pro jejich jednoduché získávání jsou hlavní aspekty pro zajištění správné interoperability. Tato práce se zabývá studiem problematiky v oblastech propojování chemoinformatických databází a popisuje některá její řešení. Součástí práce je tvorba výukového chemického portálu Pokusnice a jeho napojení na databázi Wikidata. Dále se práce zabývá rozšířením aplikace MolMeDB, která slouží k ukládání a poskytování informací o interakcích chemických látek s biologickými membránami. Rozšíření se týkalo především tvorby REST API aplikace pro zajištění správné interoperability libovolné databáze s aplikací MolMeDB.Today, a vast amount of biological and chemical data is constantly generated, which are then stored in publicly accessible databases for their provision to the scientific community. However, to understand a wide network of cellular processes, it is usually not enough to obtain data from a single experiment, but it is necessary to interconnect different data. This can provide us with new information and help to clarify the studied issues. Proper design of the data storage structure and implementation of tools for their easy retrieval are key aspects to ensure proper interoperability. This work deals with the study of problems in the field of interconnection of chemoinformatics databases and describes some of its solutions. Part of the work is the creation of an educational chemical portal Pokusnice and its connection to the Wikidata database. Furthermore, the work deals with the extension of the MolMeDB application, which is used to store and provide information about the interactions of chemicals with biological membranes. The extension mainly concerned the creation of the REST API application to ensure the correct interoperability of any database with the MolMeDB application.