Auxiny jako jedna z fytohormonálních rodin hrají nezastupitelnou roli v růstu a vývoji rostlin. Současné poznatky naznačují, že klíčovým parametrem regulace fyziologických procesů je subcelulární distribuce indol-3-yloctové kyseliny (IAA). Proto byla tato práce zaměřena na optimalizaci izolace subbuněčného kompartmentu endoplazmatického retikula (ER). To se považuje za vstupní bránu auxinů do jádra, kde probíhá jejich percepce. Za použití optimalizovaného protokolu byly buněčné organely mechanicky uvolněny z rostlinného pletiva a následně bylo izolováno ER prostřednictvím diskontinuální hustotní gradientové ultracentrifugace. Purifikace a stanovení auxinů byla provedena za použití protokolu pro mikroextrakci pevnou fází pomocí plněných pipetovacích špiček (SPE-PT) s následnou hmotnostně-spektrometrickou analýzou. Byl porovnán metabolický profil IAA v ER frakcích izolovaných z rostlin Arabidopsis Col-0 a nadprodukující linie 35S::PIN8-GFP.Auxins as one of phytohormonal group play irreplaceable role in plant growth and development. Recent results show that subcellular distribution of indol-3-acetic acid (IAA) is a key parameter of physiological processes. For this reason, thesis deals with optimisation of subcellular fractionation with focus on endoplasmic reticulum (ER). This compartment is considered to be entrance gate of auxin into nuclei, where auxin signal is perceived. ER-enriched fraction was isolated by optimized protocol employing mechanical tissue disruption with subsequent discontinuous density-gradient ultracentrifugation. Auxins were purified and quantified via in-tip micro-solid phase extraction (SPE PT) following mass spectrometry analysis. Determined metabolic auxin profiles of whole plants as well as ER-enriched fractions isolated from WT and overexpressing Arabidopsis plant line 35S::PIN8-GFP were compared.