Počet záznamů: 1  

Zpracování informací z databázových a predikčních softwarových nástrojů pro anotaci necharakterizovaných proteinů pomocí bioinformatických metod

  1. Údaje o názvuZpracování informací z databázových a predikčních softwarových nástrojů pro anotaci necharakterizovaných proteinů pomocí bioinformatických metod [rukopis] / Alois Kozubík
    Další variantní názvyZpracování informací z databázových a predikčních softwarových nástrojů pro anotaci necharakterizovaných proteinů pomocí bioinformatických metod
    Osobní jméno Kozubík, Alois, (autor diplomové práce nebo disertace)
    Překl.názCompiling predicted data and database information for annotation of unknown proteins by using bioinformatic methods
    Vyd.údaje2019
    Fyz.popis34
    PoznámkaOponent Martin Raus
    Ved. práce Zdeněk Perutka
    Dal.odpovědnost Raus, Martin, (oponent)
    Perutka, Zdeněk, (vedoucí diplomové práce nebo disertace)
    Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra biochemie (udelovatel akademické hodnosti)
    Klíč.slova Proteom * proteomika * BLAST * CELLO2GO * NucPred * Protein Cutter * WegoLoc * LOCALIZER * NSAF * Python * Biopython * ExPASy * UniProt * Swiss-Prot * Hordeum vulgare * hmotnostní spektrometrie * Proteome * proteomics * BLAST * CELLO2GO * NucPred * Protein Cutter * WegoLoc * LOCALIZER * NSAF * Python * Biopython * ExPASy * UniProt * Swiss-Prot * Hordeum vulgare * mass spectrometry
    Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses
    MDT (043)378.22
    Země vyd.Česko
    Jazyk dok.čeština
    Druh dok.PUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitulBc.
    Studijní programBakalářský
    Studijní programBiochemie
    Studijní oborBioinformatika
    kniha

    kniha

    Kvalifikační práceStaženoVelikostdatum zpřístupnění
    00225346-710385211.pdf141.1 MB21.05.2019
    PosudekTyp posudku
    00225346-ved-712608890.pdfPosudek vedoucího
    00225346-opon-100126169.pdfPosudek oponenta

    Cílem této práce je vytvoření programu, který usnadní a částečně automatizuje proces anotace nepopsaných proteinů z ječmene setého (Hordeum vulgare) identifikovaných na základě analýzy štěpných peptidů technikou tandemové hmotnostní spektrometrie spojené s kapalinovou chromatografií. Hlavní důraz při anotaci bude kladen možnosti vyhledání a zhodnocení informací, zda se neznámé proteiny vyskytují v buněčném jádře. Proces anotace bude založen na použití bioinformatického nástroje pBLAST (protein Basic Local Alignment Search Tool) k nalezení podobných, již popsaných proteinů v databázi Swiss-Prot. Souběžně s tím budou proteinové sekvence analyzovány pomocí nástrojů sloužících k predikci lokalizace (CELLO2GO, LOCALIZER, NucPred a WegoLoc) a k výpočtu základních fyzikálních vlastností proteinů (Protein Cutter).The goal of this thesis is to design and develop a program that could automate the proces of annotation of unknown proteins obtained by LC-MS/MS analysis from common barley (Hordeum vulgare). The main focus during the annotation proces shall be to dertermine if the proteins are expected to be localized within the nucleus. The annotation process will be based upon the use of pBLAST tool for finding homologous proteins inside the Swiss-Prot database. The proteins will be simultaneously analyzed by localization prediction tools CELLO2GO, LOCALIZER, WegoLoc and NucPred and by a physical attributes calculation tool Protein Cutter.

Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.