Proteiny jsou makromolekuly sestavené ze zřetězených aminokyselin kódovaných genetickým kódem. Skládání proteinů, proces získávání konečné proteinové struktury původního peptidového řetězce, je dosud velmi obskurní, pravidla určující skládání proteinů teprve čekají na objevení. Znalost chemických a fyzikálních vlastností peptidového řetězce, který je potenciálně skládan, tolik nepomůže při pochopení otázky Proč se proteiny skládají tímto způsobem a nikoli jiným? Chemie a fyzika hrají roli, přesto se zdá, že nejsou rozhodující odpovědí, hledá se vysvětlení jiné podstaty: "proteinový kód" nebo "proteinová gramatika" nebo "proteinová syntax" jsou pojmy, které se vyskytují. Tato situace je velmi podobná dešifrování genetického kódu, protože se předpokládá, že skládání proteinů je mechanismus, který byl získán přirozeným výběrem, podobně jako genetický kód. Tato disertační práce se pokusila propojit lingvistické teorie a studie o proteinech, což umožnilo další možný překlenutí lingvistiky a biologie.Proteins are macromolecules made of concatenated amino acids encoded by the genetic code. Protein folding, a process of getting the final protein structure of the original peptide chain, is very obscure process so far, rules governing the protein folding waiting to be discovered. Knowing perfectly chemical and physical properties of the peptide chain that is potential to fold does not help that much in understanding the question Why proteins fold in that way and not another? Chemistry and physics playing a role, yet seem not to be the crucial answer, an explanation of another essence is being enquired for: "a protein code" or "protein grammar" or "protein syntax" are terms that occur, a mechanism rather conventional, as a code is being enquired for rather than purely chemical explanations. This situation is very similar to the genetic code deciphering, for as much as it is believed that protein folding is a mechanism that was obtained by natural selection, similarly to the genetic code.