Tato práce je zaměřena na studium chování r(GACC) tetranukleotidu, za pomoci molekulové dynamiky. Experimentální NMR data ukazují, že tento tetranukleotid zaujímá tzv. A-formu, avšak MD simulace za použití, v současné době nejpoužívanějšího silového pole 99bsc0OL3, vytváří interkalované struktury, které v experimentu nejsou pozorovány. Cílem této práce bylo zamezení vzniku interkalovaných struktur. Jako forma úpravy zde bylo zvoleno oslabení vodíkových vazeb přítomných v interkalovaných strukturách. Navíc také studium vlivu použitého solventu.This bachelor thesis is focused on behaviour of r(GACC) tetranucleotide using molecular dynamics. According the NMR data, this tetranucleotide adopts mostly A-form conformation. However, the MD simulations using popular 99bsc0OL3 force field populate non native intercalated structures. The aim of this bachelor thesis was to prevent formation of these intercalated structures using additional locally acting potential to weaken selected hydrogen bonds. In additon, the influence of used solvent was also examined.