Počet záznamů: 1
Studium a chování tetranukleotidů v různých silových polích
Údaje o názvu Studium a chování tetranukleotidů v různých silových polích [rukopis] / Lenka Mikulajová Další variantní názvy Studium a chování tetranukleotidů v různých silových polích Osobní jméno Mikulajová, Lenka, (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Study of conformational behaviour of tetranucleotides using different force fields Vyd.údaje 2018 Fyz.popis 44 Poznámka Oponent Marie Zgarbová Ved. práce Petra Kührová Dal.odpovědnost Zgarbová, Marie (oponent) Kührová, Petra (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova Nukleové kyseliny * RNA * tetranukleotidy * molekulární dynamika * silové pole * Nucleic acids * RNA * tetranucleotides * molecular dynamics * force field Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses MDT (043)378.22 Země vyd. Česko Jazyk dok. čeština Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Bc. Studijní program Bakalářský Studijní program Chemie Studijní obor Aplikovaná chemie kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00225391-752352506.pdf 83 3.2 MB 02.05.2018 Posudek Typ posudku 00225391-ved-770236112.pdf Posudek vedoucího 00225391-opon-619048899.pdf Posudek oponenta
Tato práce je zaměřena na studium chování r(GACC) tetranukleotidu, za pomoci molekulové dynamiky. Experimentální NMR data ukazují, že tento tetranukleotid zaujímá tzv. A-formu, avšak MD simulace za použití, v současné době nejpoužívanějšího silového pole 99bsc0OL3, vytváří interkalované struktury, které v experimentu nejsou pozorovány. Cílem této práce bylo zamezení vzniku interkalovaných struktur. Jako forma úpravy zde bylo zvoleno oslabení vodíkových vazeb přítomných v interkalovaných strukturách. Navíc také studium vlivu použitého solventu.This bachelor thesis is focused on behaviour of r(GACC) tetranucleotide using molecular dynamics. According the NMR data, this tetranucleotide adopts mostly A-form conformation. However, the MD simulations using popular 99bsc0OL3 force field populate non native intercalated structures. The aim of this bachelor thesis was to prevent formation of these intercalated structures using additional locally acting potential to weaken selected hydrogen bonds. In additon, the influence of used solvent was also examined.
Počet záznamů: 1