Teoretická část bakalářské práce je věnována konopí setému a mikrobiální jakosti. Dále jsou popsány kontaminanty ovlivňující kvalitu konopí a konopných výrobků a hodnocení mikrobiologické kvality. Jsou zde také zmíněny metody pro hodnocení mikrobiální jakosti rostlinných drog použité v experimentální části a popsány další alternativní metody. Experimentální část je zaměřena na hodnocení mikrobiální jakosti pěti odrůd konopí setého a identifikaci izolovaných mikroorganismů pomocí polymerasové řetězové reakce (PCR) a hmotnostního spektrometru s laserovou desorpční ionizací s pomocí matrice a analyzátorem doby letu (MALDI-TOF MS). Konopný materiál byl hodnocen podle kritérií vyhlášky č. 236/2015 Sb. a Českého lékopisu pro léčebné použití. Z pěti vzorků vyhověl pouze jediný vzorek odrůdy Finola, ostatní vzorky obsahovaly nadlimitní množství mikroorganismů pro léčebné konopí. U všech vzorků byla provedena identifikace mikroorganismů pomocí polymerasové řetězové reakce, pro srovnání byla u tří vzorků provedena identifikace pomocí MALDI-TOF hmotnostního spektrometru.The theoretical part of the bachelor thesis is about Cannabis sativa and microbial quality. The contaminants affecting quality of Cannabis and its products and evaluation of microbial quality are also described. Evaluation methods of microbial quality of plant drugs used in the experimental part are mentioned and other alternative methods are described. The experimental part is focused on evaluation of microbial quality of five varieties of Cannabis sativa and on identification of isolated microorgasnims by polymerase chain reaction (PCR) and by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionisation Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). Samples of Cannabis were evaluated according to criteria of the order number 236/2015 Sb. and the Pharmacopoea Bohemica for medicinal use. Only one variety Finola out of five samples complied, the rest of the samples contained overlimited amount of microorganisms for medicinal Cannabis. The identification of microorganisms was done by polymerase chain reaction for all samples, for comparison the identification by MALDI-TOF mass spectrometry was done for three samples.