Procesy speciace zahrnují bariéry genového toku, jako jsou geografická separace, výskyt na odlišných ekologických a fenologických nikách nebo odlišný reproduktivní mechanismus. Tyto bariéry umožňují působení evolučních mechanismů, v konečném důsledku vyúsťujícím v reproduktivní isolaci a vznik nových druhů. Genomy organel jsou ko-evolučně spojeny s jaderným genomem. Důkazem toho jsou alloplasmatické linie rostlin často vykazující defektní fenotyp, jako jsou poruchy diferenciace chloroplastů, sterilitu, nebo homeotické abnormality ve vývoji květu. Tento proces může hrát roli v evoluční adaptaci na podmínky prostředí, a podílí se tak na speciaci tvorbou reproduktivní bariéry mezi jedinci s odlišnou cytoplasmou. Díky různorodosti dostupné genetické diverzity, genetickým informacím je hrách (Pisum sp.) atraktivním modelem pro studium molekulárních základů speciačního procesu.Speciation involves processes of gene-flow barriers such as geographical separation, occurrence of different ecological and phenological niches and reproductive patterns. These barriers allow action of evolutionary mechanisms, resulting ultimately in new species. Genomes of organelles are coevolutionary linked to chromosomal counterpart, as demonstrated by occurrence of alloplasmic lines displaying defective phenotype such as not functional chloroplasts, sterility and flower abnormalities. This process might play a role in evolutionary adaptation to the environment. Pea (Pisum sp.) is attractive model to study this phenomenon due to rich germplasm and available genomic tools.