Tato diplomová práce se zabývá vlivem unijních institucí na podobu ekonomických vztahů mezi Evropskou unií a Japonskem. Jako teoretické východisko používá upravený koncept historického institucionalismu Simona Bulmera. Na realitě ekonomické evropskojaponské spolupráce ukazuje roli institucí v tomto partnerství. Práce odpovídá na to, jakým způsobem se podílí unijní orgány na vytváření těchto vztahů, jak se do nich promítá jejich struktura a také změny s ní související. Dále ukazuje roli hodnot a principů institucí či působení Evropského soudního dvoru. V textu je také nastíněn vývoj partnerství EU s Japonskem, jehož vrcholem je v současnosti projednávaná Dohoda o volném obchodu.This thesis deals with influence of EU institutions on economic relations between European Union and Japan. Theory is based on Simon Bulmer's concept of Historical Institutionalism. The text shows role of institutions in the eurojapanese economical partnership and answers questions how institutions participate on forming this relation, what is the influence of their structure and its changes. The thesis also shows role of values and principles; and influence of European Court of Justice. Important part of the text deals with the development of the partnership between EU and Japan; also its path to currently negotiated Free Trade Agreement.