Rostlinný hormon auxin (indol 3 yloctová kyselina; IAA) hraje důležitou roli v mnoha procesech růstu a vývoje rostliny. Její homeostáze je u rostlin zajištěna souhrou auxinového transportu, biosyntézy, konjugace a degradace. Použití in vivo značení v kombinaci s hmotnostní spektrometrií se ukázalo, že je vhodným nástrojem pro sledování toků skrz metabolické dráhy IAA a identifikaci jak jejich biosyntetických prekurzorů, tak degradačních produktů. S cílem zkoumat auxinový metabolismus byl uskutečněn experiment, ve kterém byly inkubovány semenáčky Arabidopsis thaliana Columbia-0 (Col-0) a několika jejich biosyntetických a katabolických mutantů buď s [13C]Ind, nebo s [13C6]IAA. Po inkorporaci stabilně izotopicky značeného prekurzoru byly také srovnány metabolické profily IAA u šestidenních semenáčků Col-0 s buněčnou suspenzí Col-0. Získané výsledky poskytly důležité informace jak o rychlosti biosyntézy a degradace IAA, tak o vztahu jejich jednotlivých prekurzorů a katabolitů. Kombinace vyvinutého postupu a experimentu s mutantními liniemi vedla ke zlepšení znalostí, které se týkají metabolických drah IAA u A. thaliana.The phytohormones auxin (indole-3-acetic acid; IAA) plays an important role in various processes of plant growth and development. Auxin homeostasis in planta is ensured by interplay of its transport, biosynthesis, conjugation and degradation. The use of in vivo labelling in combination with mass spectrometry analysis was proved to be a suitable tool for monitoring fluxes through IAA metabolic pathways and identification of its biosynthetic intermediates and degradation products. Feeding experiments that used 13C labelled indole or IAA were performed in Arabidopsis thaliana wild type (Col-0) and several IAA biosynthetic or metabolic mutants with the aim to investigate auxin metabolism. Moreover, IAA metabolic profiles after incorporation of the 13C from labelled precursor were compared in 6-day-old Arabidopsis seedlings and cell suspension of the same ecotype (Col-0). Obtained results provide us with important information about the rates of IAA biosynthesis and degradation and the relevance of individual IAA precursors, catabolites and conjugates. Combined with mutant line screening, the developed approach can improve our knowledge about auxin metabolic pathways in A. thaliana.