Práce se zabývá tématem separace buněčných organel z rostlinného materiálu (Arabidopsis thaliana) s cílem získat frakci obohacenou o endoplazmatické retikulum. Subcelulární frakcionace byla provedena metodou ultracentrifugace pomocí diskontinuálního sacharózového gradientu. Čistota frakcí byla testována metodou imunodetekce merkerových proteinu pro endoplazmatické retikulum, vakuoly, plazmatickou membránu a Golgiho aparát. V obohacených frakcích o danou organelu a zároveň s co nejnižší kontaminací ostatních kompartmentů byly identifikovány proteiny pomocí hmotnostní spektrometrie. Seznamy stanovených proteinů byly podrobeny gene ontology analýze.This thesis deals with subcelular fractionation. Suspense cell culture derived from Arabidopsis thaliana and plants of A. thaliana Col-0 were chosen for experiments. The main aim was to obtain an enriched fraction with endoplasmic reticulum. Separation of organelles was realized due ultracentrifugation of microsomal fraction through discontinual sucrose gradient. Purity of fractions was measured by immunodetection of marker proteins representing endoplasmic reticulum, vacuoles, plasma membrane and Golgi apparatus. Protein content of obtained fractions was analyzed by mass spectrometry. Identified proteins were subjected gene ontology analysis.