Proteomika je vědní obor, zabývající se studiem proteomu, tedy souboru všech proteinů přítomných v daném okamžiku v organismu, tkáni, buňce či její části. Jejím cílem je komplexní analýza proteinů z hlediska jejich množství, vzájemných interakcí, funkčních stavů, lokalizace, post-translačních modifikací a struktury. Díky vývoji hmotnostní spektrometrie a bioinformatiky je proteomika jedním z nejdynamičtěji se rozvíjejících oborů současnosti. Má bakalářská práce se zabývá přípravou vzorků pro hmotnostní analýzu a jejím cílem je porovnání metod štěpení proteinů v roztoku. Bylo srovnáno šest variant štěpení proteinů v mikrozkumavce a tři varianty štěpení proteinů na centrifugačním filtru. Z provedených experimentů vycházela jako nejlepší varianta štěpení proteinů v mikrozkumavce za přítomnosti močoviny a thiomočoviny, ve které byl identifikován největší počet proteinů a peptidů.Proteomics is the scientific discipline dealing with the study of the proteome; the set of all proteins present at a given moment in a cell (or part thereof), tissue, or organism. The goal of proteomics is to provide a comprehensive analysis of proteins in terms of their quantity, interactions, functional states, localization, post-translational modifications and structures. Thanks to the development of mass spectrometry and bioinformatics, proteomics is one of the fastest developing fields today. This thesis investigates the preparation of samples for mass analysis and compares methods for the digestion of proteins in a solution. Six variants of protein digestion in a microtube and three variants on a centrifugal filter were compared. Among these, digestion in a microtube containing urea and thiourea proved to be the most effective; the greatest number of proteins and peptides were identified via this method.