Počet záznamů: 1  

Srovnání silových polí pro studium biologických membrán

  1. Údaje o názvuSrovnání silových polí pro studium biologických membrán [rukopis] / Martin Šrejber
    Další variantní názvySrovnání silových polí pro studium biologických membrán
    Osobní jméno Šrejber, Martin (autor diplomové práce nebo disertace)
    Překl.názValidation of force-fields for biological membranes
    Vyd.údaje2014
    Fyz.popis1 CD ROM
    PoznámkaVed. práce Karel Berka
    Dal.odpovědnost Berka, Karel, 1982- (vedoucí diplomové práce nebo disertace)
    Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (udelovatel akademické hodnosti)
    Klíč.slova biologické membrány * molekulárně dynamické simulace * silová pole * biological membranes * molecular dynamics simulations * force fields
    Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses
    MDT (043)378.22
    Země vyd.Česko
    Jazyk dok.čeština
    Druh dok.PUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitulBc.
    Studijní programBakalářský
    Studijní programChemie
    Studijní oborAplikovaná chemie
    kniha

    kniha

    Kvalifikační práceStaženoVelikostdatum zpřístupnění
    00186790-706586131.pdf211.3 MB12.05.2014
    PosudekTyp posudku
    00186790-ved-525140144.pdfPosudek vedoucího
    00186790-opon-970106311.docPosudek oponenta

    Biologické membrány jsou nezbytné pro život buněk, protože určují hranice mezi vnitřním prostředím buňky a okolím. Biologické membrány jsou tvořeny lipidovými dvojvrstvami s vnořenými membránovými proteiny, přičemž nejčastějšími lipidovými typy jsou fosfatidylcholiny. V této práci jsme analyzovali model lipidové dvojvrstvy tvořené dioleoylfosfatidylcholinem (DOPC) pomocí molekulárně dynamických (MD) simulací. Silová pole jsou parametrizované funkce potenciálních energií používané v MD simulacích, přičemž různá silová pole poskytují rozdílné chování lipidových dvojvrstev. V této práci jsme se soustředili na zhodnocení výsledků jednotlivých silových polí v porovnání s experimentálně dostupnými údaji. Mezi tyto údaje patřily například plocha lipidu, objem lipidu, různé druhy tlouštěk membrány, stupně uspořádanosti uhlíku a laterální difúze lipidů. Na základě tohoto srovnání jsme byli schopni vybrat silová pole, která nejlépe reprodukují vlastnosti reálných membrán.Biological membranes play the key role in cell survival as they divide cell interior and its surrounding environment. The typical structure of biological membrane is lipid bilayer with embedded proteins. Major lipid components in mammals are phosphatidylcholines. Here, we analysed dioleoylphosphatidylcholine (DOPC) bilayer by means of molecular dynamics (MD) simulations. MD simulations use parameters and potential functions which are called "force field". The different force fields can generally show different behaviour of lipid bilayers. In this work, we have tried to validate several lipid force fields with experimental evidence, such as area per lipid (AL), volume per lipid (VL), several membrane thickness parameters, lipid order parameters (SCD) and lipid lateral diffusion. Finally, we were able to select force fields that reproduce experimental behaviour of real biological membrane.

Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.