Hlavním cílem této diplomové práce bylo určit abundanci metanotrofních bakterií na různých velkostních frakcích sedimentu a ve vertikálním profilu sedimentu určené lokality. Pro analýzu byly vybrány některé rody obou typů metanotrofních bakterií. Pro stanovení celkové abundance bylo použito specifické barvení DAPI a pro analýzu společenstva metanotrofních bakterií fluorescenční in situ hybridizace (FISH). Byly prokázány rozdíly v upřednostňování ruzných velikostí sedimentu. Bakterie více upřednosťovaly velikost sedimentu do 1 mm. Prokázána byla i různá distribuce ve vertikálním profilu sedimentu určené lokality.The main objective of this thesis was to determine the abundance of methanotrophic bacteria in different size fraction of the sediment and sediment in the vertical profile for identified location. For the analysis were chosen some genera of both types of methanotrophic bacteria. To determine the total abundance was used specific DAPI staining and analysis of communities of methanotrophic bacteria by fluorescence in situ hybridization (FISH). There have been demonstrated differences in preference for different sizes of sediment. The bacteria prefered more size of the sediment up to 1 mm. There has been also approved different distribution in the vertical profile of the sediment of designated locations.