V této práci je popsáno chování magnetických nanočástic v kapilární elektroforéze. Poukazuje na využití kapilární elektroforézy pro separaci nanočástic a jejich charakterizaci v roztocích při změně teploty, napětí, délky nástřiku nebo také vliv nosného elektrolytu na analýzu. Cílem práce bylo vytvořit přehled syntéz magnetických nanočástic a ukázat, jak může být kapilární elektroforéza využita pro charakterizaci nanočástic.In this work, the behavior of magnetic nanoparticles in capillary electrophoresis is described. It refers to use of capillary electrophoresis for the separation and characterization of nanoparticles in solution. We characterized the magnetic nanoparticles with changing temperature, voltage, injection time, and we studied the influence of the background electrolyte on analysis. The aim of this work was to create a general overview of syntheses of magnetic nanoparticles and show how capillary electrophoresis can be used for the characterization of nanoparticles.