Počet záznamů: 1  

Výpočty profilů GIbbsovy energie chemické reakce pomocí ab initio molekulové dynamiky kombinované s metodou Umbrella Sampling

  1. Údaje o názvuVýpočty profilů GIbbsovy energie chemické reakce pomocí ab initio molekulové dynamiky kombinované s metodou Umbrella Sampling [rukopis] / Pavel Chmelař
    Další variantní názvyVýpočet profilů Gibbsovy energie chemické reakce pomocí ab initio molekulové dynamiky kombinované s metodou Umbrella sampling
    Osobní jméno Chmelař, Pavel (autor diplomové práce nebo disertace)
    Překl.názCalculation of the Gibbs energy profile of the chemical reaction using ab initio molecular dynamic in combination with Umbrella sampling method
    Vyd.údaje2012
    Fyz.popis49 s. (62 353 znaků). : il., grafy, tab. + 1 CD
    PoznámkaOponent Petr Jurečka
    Ved. práce Pavel Banáš
    Dal.odpovědnost Jurečka, Petr (oponent)
    Banáš, Pavel (vedoucí diplomové práce nebo disertace)
    Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (udelovatel akademické hodnosti)
    Klíč.slova QM/MM * Umbrella sampling * WHAM * PES * profil Gibbsovy energie * ADMP * methylchlorid * CH3Cl * Gaussian * MPW1K * QM/MM * Umbrella sampling * WHAM * PES * Gibbs energy profile * ADMP * methyl chloride * CH3Cl * Gaussian * MPW1K
    Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses
    MDT (043)378.22
    Země vyd.Česko
    Jazyk dok.čeština
    Druh dok.PUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitulBc.
    Studijní programBakalářský
    Studijní programChemie
    Studijní oborManagement v chemii
    kniha

    kniha

    Kvalifikační práceStaženoVelikostdatum zpřístupnění
    00090481-192496566.pdf141.3 MB17.01.2012
    PosudekTyp posudku
    00090481-ved-301781375.jpgPosudek vedoucího
    00090481-opon-641699875.jpgPosudek oponenta
    Průběh obhajobydatum zadánídatum odevzdánídatum obhajobypřidělená hodnocenítyp hodnocení
    00090481-prubeh-104093963.jpg29.10.200817.01.201206.02.20122Hodnocení známkou

    Tato bakalářská práce si kladla za cíl otestovat metodu pro výpočty profilů Gibbsovy energie, která bude používat Umbrella sampling techniku v kombinaci s hybridním QM/MM popisem systému a ADMP propagací vlnové funkce.Tato metoda je nejvhodnějším řešením pro studium mechanismů enzymatických a ribozomových reakcí. Velký důraz byl kladen zejména na optimalizaci časové náročnosti simulací a na spotřebu výpočetní energie, přestože námi použitá reakce (Cl- + CH3Cl -> ClCH3 + Cl-) byla relativně výpočetně nenáročná. Nicméně při použití stejné metody na velkých systémech jako jsou biomakromolekuly, mohou zabírat integrační kroky ADMP simulace mnohonásobně více času než při relativně jednoduché simulaci reakce metylchloridu s chloridovým aniontem a spolu s tím vzroste spotřeba výpočetní energie. S ohledem na tyto skutečnosti jsme se snažili nalézt nejvhodnější počet simulačních oken a nastavení jejich parametrů, abychom optimalizovali výpočetní náročnost. Cílem bylo nalézt optimální simulační čas tak, aby histogramy rozdělení pohybu podél reakční koordináty byly již zkonvergované.The aim of the bachelor thesis was testing of the method calculating Gibbs energy profile that uses Umbrella sampling method in combination with the hybrid QM/MM description and the ADMP wave function propagation. This method is the most appropriate solution for studying the mechanisms of enzymatic and ribozyme reactions. The study was focused mainly on the optimization of the time and computational demands. The applied reaction (Cl- + CH3Cl ? ClCH3 + Cl-) is computationally relatively not demanding, however, during when this method is applied on large systems such as bio-macromolecules, the ADMP integration steps will take much more computational time. Thus we tried to find the most appropriate number of simulation windows and to adjust their parameter, so that we optimized computational demands. The identified an optimal simulation time so that the distributions of motion along the reaction coordinate were already converged.

Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.